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La historia se desarrolla en 1937, en la Segunda Guerra Mundial. El teniente coronel Yuki, del Ejército Imperial de Japón, crea la Agencia D, un equipo de inteligencia que está bajo su mando y tutela, y el Estado Mayor del Ejército asigna al teniente Sakuma la misión de observar el rendimiento de dicho equipo. La Agencia D despliega una amplia red para encontrar agentes más allá del personal del ejército japonés y Yuki establece principios que van en contra de las doctrinas del Ejército Imperial: “No mates, que no te maten, que no te capturen”. Así, Yuki entrena a un grupo de operativos que llevarán a cabo misiones contra fuerzas nacionales y extranjeras.