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En la nueva temporada, muchos años han pasado desde que Naota y Haruhara Haruko compartieran su aventura juntos. Mientras, la guerra entre las dos entidades conocidas como “Medical Mechanica” y “Fraternity” se extiende por toda la galaxia. Enter Hidomi es una joven chica que cree que no hay nada extraordinario que pueda esperar de su vida de persona normal, hasta que un día una profesora de nombre Haruko llega a su instituto.